2009.04.15 大陸衛生部醫政司公佈
第一條 根據《中華人民共和國執業醫師法》、《衛生部辦公廳、國家中醫藥管理局辦公室關於台港澳醫師獲得大陸醫師資格有關問題的通知》及有關法律、法規，制定本辦法。
第二條 本辦法所稱台灣醫師，是指具有台灣合法行醫資格並且是台灣永久性居民的醫師。台灣醫師可申請獲得的大陸醫師資格類別為臨床、中醫、口腔。
第三條 同時具備下列條件並符合《中華人民共和國執業醫師法》及其有關規定的台灣永久性居民，可申請大陸醫師資格認定。
(一) 2007 年12 月31 日前已取得台灣合法行醫資格滿5 年的台灣永久性居民；
(二) 具有台灣專科醫師資格證書；
(三) 在台灣醫療機構中執業。
第四條 申請醫師資格認定，應當提交下列文件：
(一) 台灣醫師大陸醫師資格認定申請審核表；
(二) 6 個月內二寸免冠正面半身照片2 張；
(三) 台灣永久性居民身份證明材料；
(四) 與擬申請醫師資格類別相應的醫學專業學歷證明；
(五) 台灣行醫執照或者行醫權證明；
(六) 與擬申請醫師資格類別相應的台灣專科醫師執照或者專科醫師資格證明；
(七) 台灣相關醫療機構的在職證明或者執業登記證明；
(八) 執業期內無不良行為記錄的證明；
(九) 無刑事犯罪記錄的證明；
(十) 省級以上人民政府衛生行政部門規定的其他文件。
前款（三）至（九）項的內容必須經過台灣公證機關的公證。以上文件應當為簡體或繁體中文文本或附中文譯文。
第五條 省級衛生行政部門負責台灣醫師申請大陸醫師資格認定的受理、審核和認定工作。
第六條 省級衛生行政部門收到申請文件後，對申請人的申請文件進行驗證並審核，並簽署審核意見。省級衛生行政部門對審核合格的，予以認定，授予執業醫師資格，並頒發衛生部 統一印製的《醫師資格證書》。
第七條 省級中醫藥管理部門負責台灣中醫醫師（包括中醫、民族醫、中西醫結合）申請大陸醫師資格認定的受理、審核和認定，由省級衛生行政部門頒發衛生部統一 印製的《醫師資格證書》。
第八條 省級衛生行政部門對取得《醫師資格證書》的人員情況予以匯總，報衛生部備案。
第九條 取得大陸醫師資格的台灣居民《醫師資格證書》編碼由年度代碼、省、自治區、直轄市代碼、醫師級別代碼、醫師類別代碼、居民有效證件號碼和地區代碼共27位元組成。其中，第1-4 位是取得醫師資格證書年度代碼，第5-6 位是核發《師資格證書》的省、自治區、直轄市代碼，第7 位是執業醫師級別代碼，第8-9 位是執業醫師類別代碼。第10-19位元是台灣居民身份證代碼，第20-24 位為“0＂， 第25-27 位是TWN。
第十條 取得大陸《醫師資格證書》的臺灣居民申請在內地執業註冊的，按照《醫師執業註冊暫行辦法》（衛生部令第5 號）執行。
第十一條 本辦法自下發之日起施行。原有規定與本辦法不符的，以本辦法為准。